Ajuda do sistema NetGen
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2 Nova reconstrução
Para executar uma nova reconstrução, o usuário precisa entrar na aplicação com seu Usuário e Senha. O sistema mostra na tela inicial um assistente que auxilia na configuração e definição das informações do modelo de rede metabólica. A figura abaixo demonstra a tela "Nova reconstrução". A preparação de execução é feita nas três etapas descritas a seguir.
- Etapa "Informações Iniciais"
- Deve ser definido o título do modelo da rede, número de versionamento, nome do arquivo SBML de saída, se vai existir a inferência de genes (escolha manual), qual o arquivo de anotação no formato GBK será feito o envio para o sistema, e o qual o arquivo do modelo (formato SBML) de referência será utilizado para envio também para o sistema.
- Etapa "Inferência"
- Se na etapa anterior foi marcado "Inferir genes?", essa etapa irá apresentar uma lista de reações (GPR) carregadas a partir do SBML do modelo de referência. É possivel escolher quantas reações estiverem disponíveis na lista, essas serão forçadas como entrada no novo modelo da reconstrução.
- Etapa "Confirmação"
- Nesta última etapa obrigatória, É possivel conferir todas as configurações definidas nas etapas anteriores, e por fim, clicando no botão "Iniciar", a execução da reconstrução será iniciada em segundo plano (processo executado em modo silencioso) no sistema
Na figura acima, é exibido o layout da etapa "Informações Iniciais", onde os arquivos que são escolhidos para a reconstrução são transferidos para o sistema. Na existência de arquivos com os mesmos nomes o sistema os substitui imediatamente pelos novos arquivos escolhidos. Outra restrição imposta foi a escolha do tipo de arquivo (extensão do arquivo), por tanto, somente GBK para anotações (organismo alvo) e SBML (organismo de referência) podem ser submetidos.
A etapa de "Inferência" é mostrada na figura acima e possibilita a modificação manual do modelo com base no modelo de referência. Pode-se selecionar algumas reações para serem forçadas a estar na reconstrução da rede metabólica alvo, com isso pode-se testar diferentes combinações e gerar diversas versões do modelo do organismo alvo.
Por último, a etapa de "Confirmação", é mostrado um resumo com todas as informações inseridas ou escolhidas. A figura abaixo mostra um exemplo de reconstrução de rede metabólicas prestes a ser executada:
Após a confirmação de todos os dados referentes a reconstrução a reconstrução é iniciada acionando no botão "Iniciar" como já foi dito. A figura abaixo demonstra uma execução de reconstrução em andamento.
Ao iniciar uma execução de reconstrução de rede metabólica, o sistema mostra o status e informa que em breve, será recebido um e-mail com todas informações do pipeline executado, e o arquivo SBML em anexo do novo modelo gerado. Um exemplo de resultado pode ser visto na figura abaixo.
